Từ những kết quả nghiên cứu mới trong ngành sử học và văn hoá Việt Nam khởi đầu từ những năm cuối thập niên 1980 nhằm đánh giá lại một cách thực sự khách quan và công bằng những đóng góp trên nhiều lĩnh vực của triều Mạc đối với lịch sử dân tộc, Bộ trưởng Bộ Văn hóa-Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) Phạm Quang Nghị đã ký Quyết định số 24/2002/QĐ-BVHTT ngày ngày 17 tháng 9 năm 2002, công nhận Từ đường họ Mạc ở Cổ Trai, xã Ngũ Đoan, huyện Kiến Thụy, Thành phố Hải Phòng là Di tích lịch sử cấp quốc gia.

Thủ tướng Chính phủ đã có quyết định quy hoạch 10,5ha đất tại xã Ngũ Đoan (đất phát tích nhà Mạc và khu vực Dương Kinh xưa của vương triều Mạc) để xây dựng Khu tưởng niệm Vương triều Mạc và các Vua nhà Mạc. Năm 2009, Thủ tướng Chính phủ cũng có quyết định đưa công trình này vào danh mục các công trình kỷ niệm 1000 năm Thăng Long-Hà Nội, bởi lịch sử vương triều Mạc là một phần không thể thiếu của lịch sử Thăng Long-Hà Nội.